js代码根其他脚本语言一样，都要合理的组织好，不然到最后js代码也是比较乱的。我把JS的组织分成了三个阶段，看看您现在属于哪个阶段?
初级阶段，JS代码从头顺序写到尾
<html>
<body>
<input type="text" name="username" id="username" value="" />
<input type="password" name="password" id="password" value="" />
</body>
</html>
<script type="text/javascript">
if(document.getElementById("username").value == ""){
alert("用户名不能为空");
}
if(document.getElementById("password").value == ""){
alert("密码不能为空");
}
</script>
缺点：像这样的代码都是写一个页面里面的，代码基本不能共用，最后的结果js代码冗余比较多。
优点：单个页面修改比较快，不用考虑影响其他页面。不用加载JS文件。
中级阶段，通过JS的function来，组织js代码
在开发的过程中，不断的发现，顺序写JS代码，有太多的麻烦，到最后可能就无法维护，要么维护的时间的太长。在重新开发的时，有意识的对代码进行分块，注意代码的共用性，这个时候function写的比较多。
<script type="text/javascript">
function check_username() {
if(document.getElementById("username").value == ""){
alert("用户名不能为空");
}
}
function check_password() {
if(document.getElementById("password").value == ""){
alert("密码不能为空");
}
}
</script>
优点：对JS代码，进行分块，共用性较好，修改一处所有调用都可以修改掉，并且代码可读性加强。
缺点：需要加载JS文件，如果function过多，导致找一个function要花很多时间。
高级阶段: 通过方法类，域等对function进行分割
当一个JS文件里面有100多个方法的时候，这个时候看代码其实挺难过的，如果能把里面的function进行分分类是不是就清楚很多，好比，这几个方法是注册时check用的，这个几是对字符串的验证用的等等。
<script type="text/javascript">
function register(){
this.check_username = function(){
if(document.getElementById("username").value == ""){
alert("用户名不能为空");
}
}
this.check_password = function(){
if(document.getElementById("password").value == ""){
alert("用户名不能为空");
}
}
}
new register().check_username(); //调用方法
</script>
上面的这种用的是方法类，大方法是register，里面定义的二个小方法，一个是对用户名的check,一个是对密码的check.
<script type="text/javascript">
var register = {
check_username:function(){
if(document.getElementById("username").value == ""){
alert("用户名不能为空");
}
},
check_password:function(){
if(document.getElementById("password").value == ""){
alert("用户名不能为空");
}
}
}
register.check_username(); //调用方法
</script>
个人觉得通过域，来对function进行管理，规划最简单明了。
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作者:海底苍鹰
地址:http://blog.51yip.com/jsjquery/1267.html
创建N多JS文件 动态加载.. 最合适了- - .. 动态加载规则. 也是一门学问- -.. 我看过RIA那边同时的编辑器中....... 一点也不比我们PHP的文件少- - . 分类很清晰. 很不错的说`~~
N多JS文件，要每个都熟才行，知道每个文件都是干什么用的，如果都了解的人走了，那就杯具了。做程序的跳槽很频率的，特别是刚毕业的。
有的公司是整体规画的，感觉像一个整体，有的公司有很多模块，模块与模块间通过接口调用，整体规画不是很好，但是很灵活。这个要看架构师怎么架构了。
N多jS文件的话，可以搞一个controller.js之类的核心文件，然后根据需求异步的动态加载，效果应该很不错，没试过。。